Nasceu em Manaus, no Amazonas, em 1952. Viveu a infância e a juventude na cidade natal.
Transferiu-se para São Paulo quando resolveu estudar Arquitetura, na USP. Na mesma universidade, fez o mestrado em Letras.
Seu primeiro romance foi publicado em 1990. Relato de um Certo Oriente teve uma tiragem pequena e demorou a ser reimpresso. Mas a crítica deu apoio ao livro, que acabou vencedor do Jabuti de melhor romance daquele ano.
O segundo romance, Dois Irmãos, se tornou um livro muito mais popular e está em processo de adaptação para a tevê. Foi publicado em 2000 e, desde então, já teve várias reimpressões e uma edição de bolso.
O mais novo livro, intitulado Cinzas do Norte, já foi recebido com expectativa. E não decepcionou. Pela segunda vez, Hatoum conquistou o Jabuti. Desta vez, levou inclusive o prêmio de melhor livro de ficção do ano.
Além da atividade de escritor, Hatoum é professor. Deu aulas na Universidade Federal do Amazonas e em Berkeley (Califórnia).
É colunista da revista EntreLivros.