Três propostas sobre a identificação das cargas de transgênicos estão na mesa de negociação da MOP3.
Pode conter: é uma regra mais flexível. A identificação da carga seria feita mediante uma declaração documental de que o carregamento pode ter determinado tipo de transgênico. Esse modelo não exigiria que a carga geneticamente modificada fosse separada de cargas de produtos convencionais no armazenamento e no transporte. Também dispensaria a realização de testes laboratoriais para identificar exatamente qual transgênico contém a carga. Esse modelo, adotado na MOP1, realizada na Malásia em 2004, está vigente atualmente e continuará a valer se não houver consenso entre os países para que haja alguma mudança. México e Paraguai defendem o modelo.
Contém: é uma regra mais rígida. Exige que cada carga de transgênico passe por análises laboratoriais e que o produto geneticamente modificado seja segregado do convencional nos silos de armazenagem e no transporte. É a proposta defendida pela maioria dos 132 países que participam da MOP3.
Posição brasileira: o Brasil propõe a adoção do modelo do "contém" depois de um prazo de quatro anos para os países se adaptarem. Seria uma solução de consenso entre as outras duas propostas.