As aplicações preventivas de fungicidas são o terceiro golpe da agricultura contra a ferrugem asiática nesta safra. Primeiro foi adotado o vazio sanitário que fez com que a soja fosse vista como mato entre junho e setembro. Depois, a seca entre outubro e novembro, que prejudicou a plantação mas também afetou o Phakopsora pachyrhizi. Agora os produtos químicos têm a missão de evitar que, com a ocorrência das chuvas de verão, o fungo se prolifere, como tradicionalmente ocorre desde 2002/02 no país. Por enquanto, a doença está adormecida. O Sistema de Alerta do Consórcio Antiferrugem registrou apenas oito casos em todo o país, um no Centro-Oeste e outro no Oeste do Paraná.
O preço das aplicações é alto, mas as perdas em grão podem custar mais caro ao produtor. A estimativa é que somando os fungicidas, as despesas de aplicação e as perdas em grãos a ferrugem tenha custado US$ 2,38 bilhões na safra 2007/08, ante US$ 2,19 na safra anterior. O investimento em prevenção subiu de 72% para 82% do custo geral nesse período.
Houve aumento nos gastos com fungicidas e redução das perdas na lavoura, que caíram de 2,67 milhões para 418,5 mil toneladas. Isso indica que os produtores estão se prevenindo mais, apesar de a doença estar tecnicamente sob controle. Ou seja, em vez de esperar os primeiros danos, aplica-se fungicida quando a ferrugem aparece na região.