As chamadas de voz pela internet são um tráfego de dados na internet como qualquer outro, portanto, também estão sujeitas à contaminação por pragas virtuais. No caso do Skype, o programa foi desenvolvido para ser invisível à rede e é difícil de ser controlado ou bloqueado mesmo por equipes de tecnologia. Por isso, o aplicativo representa um risco a empresas, alerta a companhia de segurança em rede Internet Security Systems (ISS).
Segundo a ISS, além de poder reduzir a produtividade dos empregados e permitir a contamização por vírus, o Skype ocupa um grande espaço de banda, o que pode prejudicar a qualidade de alguns tipos de serviços como o call center. Para se proteger, é preciso estar com os programas de segurança atualizados.