O Ministério da Educação retirou do anteprojeto de reforma universitária os artigos que regulavam diretamente a atividade das chamadas mantenedoras, como são chamadas as empresas donas das instituições de ensino superior privado. O secretário-executivo do MEC, Fernando Haddad, admitiu que a proposta de definir a composição dos conselhos administrativos das empresas era inconstitucional e, por isso, foi retirada da segunda versão do anteprojeto.
"O setor privado reclamou com razão", disse Haddad.
A nova versão do anteprojeto deixa claro também que os chamados conselhos comunitários sociais, que deverão ser criados em cada instituição, terão apenas caráter consultivo. Desses conselhos poderão participar entidades como o Movimento dos Sem Terra (MST)e sindicados, mas o anteprojeto agora enfatiza que a função do conselho é meramente consultiva e estabelece que eles serão presididos pelo reitor da instituição. A nova versão do anteprojeto também acaba com a exigência de eleição de um pró-reitor acadêmico nas instituições privadas. Em vez disso, elas deverão criar uma ouvidoria para receber críticas e sugestões da comunidade acadêmica.
O anteprojeto limita a 30% a participação de instituições educacionais estrangeiras com fins lucrativos. Tarso Genro enfatizou que esta restrição atinge apenas empresas da área educacional que queiram se instalar no Brasil, e não universidades sem fins lucrativos. De acordo com Fernando Haddad, mais de 90% das instituições dos Estados Unidos não têm fins lucrativos e, portanto, estariam livres desta restrição.
O novo anteprojeto proíbe que as empresas mantenedoras de instituições que têm isenção tributária aluguem prédios ou celebrem contratos de prestação de serviços de sócios ou seus parentes de até segundo grau. O objetivo é evitar que instituições sem fins lucrativos possam lucrar mediante a criação de uma espécie de caixa dois. Haddad afirmou, sem revelar o nome da instituição, que o Ministério Público em seu São Paulo investiga casos em que isso ocorre.