A principal novidade do vestibular 2006 foi a inscrição diferenciada aos "treineiros", que são aqueles estudantes que ainda não concluíram o ensino médio e prestam o concurso para adquirir experiência. Muitos chegavam a ser aprovados, mas não podiam efetuar matrícula. Dessa forma, candidatos aptos a cursar uma faculdade acabavam perdendo a vaga em primeira chamada. O que mudou também foi a concorrência por vagas entre cotistas negros, sistema implantado na UFPR no último concurso. Houve uma queda de 24,21% de candidatos, totalizando 1.796 inscritos. O motivo apontado pelo reitor Carlos Augusto Moreira Júnior foi a rigidez nos critérios de avaliação das cotas, que se apresentou mais clara aos candidatos após a primeira experiência com o sistema.
Outros 10.978 são candidatos a vagas reservadas para estudantes de escolas públicas, que também sofreu queda, de 20,42%. Para este vestibular, não foi permitido que o candidato tivesse estudado em escola privada, ao contrário do ano passado, que a escola paga podia ter sido freqüentada por, no máximo, um ano. A nota do Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM) será utilizada por 20.131 candidatos.
