Por mais contraditório que possa parecer, mesmo com o número de inscritos elevado, muitos interessados ficaram de fora do Fies devido às limitações impostas em 2015. Algumas mudanças para 2016 tentam evitar que isso se repita. Para o diretor executivo da Abmes, Sólon Caldas, 40% das vagas não foram preenchidas.
As novas regras do Fies estabelecem, entre outros critérios, que 70% das vagas ofertadas vão para cursos considerados prioritários, como os das áreas de saúde, engenharia e de formação de professores. Elas também deverão estar em cursos com maiores avaliações no MEC e em cidades com os menores Índices de Desenvolvimento Humano Municipal (IDHM). Os candidatos serão classificados de acordo com a nota do Exame Nacional do Ensino Médio (Enem). Terão prioridade os estudantes que ainda não concluíram o ensino superior. Outra mudança é priorizar os locais em que existe mais demanda pelo ensino superior.