Após iniciar a carreira como treinador no Ipatinga em 2008, quando só teve sete partidas para tentar, em vão, evitar a queda para a Série B, e de trabalhar depois na base de Internacional, Atlético-MG e Atlético, Enderson Moreira coleciona como treinador passagens por grandes equipes do futebol nacional desde 2011.
Neste período o treinador teve altos e baixos. Veja abaixo os momentos de maior alegria e de maior decepção do novo comandante do Furacão nesse período:
Fluminense em 2011
63,8% em sete vitórias, dois empates e três derrotas em 12 jogos.
Conseguiu uma vitória sobre o Argentinos Júnior por 4 a 2, em Buenos Aires, após o time estar perdendo de 2 a 0, o que encaminhou a classificação para as oitavas de final da Libertadores.
Nas oitavas de final, depois de vencer o Libertad por 3 a 1 no Rio de Janeiro, acabou sendo eliminado no Paraguai ao perder por 3 a 0.
Estava como técnico interino com a saída do Muricy Ramalho até a chegada de Abel Braga.
Goiás de 2011 a 2013
64% em 85 vitórias, 35 empates e 31 derrotas em 151 jogos.
Foi o principal trabalho de Enderson Moreira até agora. Ficou dois anos e dois meses e teve como ápice a conquista da Série B e do Goiano em 2012. Em 2013, teve um ótimo desempenho na Série A, brigando por vaga na Libertadores e terminando na sexta colocação.
Não teve. Desenvolveu um trabalho exemplar, que abriu mercado nos grandes clubes do país.
Após o fim do contrato com o Goiás, aceitou a proposta do Grêmio para substituir Renato Gaúcho e comandar o time na Libertadores de 2014.
Grêmio em 2014
62,8% em 19 vitórias, nove empates e sete derrotas em 35 jogos.
Terminou a primeira fase da Libertadores com a segunda melhor campanha geral, com 14 pontos conquistados após quatro vitórias, dois empates e nenhuma derrota.
Não conseguiu passar das oitavas de final da Libertadores, sendo eliminado pelo San Lorenzo, que seria campeão na sequência. Ficou marcado também ao tentar valorizar o Gauchão, usar os titulares, e comandar o Grêmio em uma das maiores goleadas sofridas em Grenais, no 4 a 1 do segundo jogo da final (na primeira partida já tinha perdido por 2 a 1, em casa).
Foi demitido após a derrota para o Coritiba por 3 a 2, em plena Arena do Grêmio, deixando o time no Brasileiro após 12 rodadas em 10º lugar.
Santos em 2014 e 2015
58,8% em 16 vitórias, cinco empates nove derrotas em 30 jogos
Fez um bom trabalho com os jovens a partir de 2014, dando espaço para meninos como Geuvânio e Gabriel. Deixou o time ainda invicto em 2015, com cinco vitorias e dois empates no Paulista.
Em um turno no Brasileiro pouco fez. Pegou o time em nono e, 19 jogos depois, terminou em nono. Além disso, não soube se relacionar bem com alguns jogadores do elenco, tendo um tratamento mais rude com os mais novos, o que causou uma insatisfação no elenco.
Insatisfeito com pedidos negados de contratações e direitos de imagem em atraso, deixou o cargo após algumas discussões com a diretoria santista.