Permanece a dúvida por que o número de vítimas fatais da gripe A H1N1 é tão grande no México. Uma das hipóteses diz que um outro vírus ou bactéria comum no México, mas não em outros países, está se aproveitando da presença do vírus da gripe suína e sendo o verdadeiro responsável pelas mortes. Outra possibilidade é que os pacientes do México tenham procurado tratamento em estágio mais avançado. Uma terceira resposta seria a discrepância na forma de contabilizar os dados da gripe.
Já o presidente mexicano, Felipe Calderón, afirmou que o mundo poderia agradecer ao México pela resposta rápida à emergência, assim que foi identificado o problema. "A frente de batalha foi o México, e nós defendemos a humanidade da propagação desse novo vírus." O governo mexicano também contesta a afirmação de que o vírus se originou no país. A administração aponta que um foco menor surgiu nos Estados Unidos aproximadamente no mesmo período, em março deste ano.
