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Com o argumento de que as escolas cívico-militares teriam um caráter "nitidamente ideológico", o juiz José Eduardo Cordeiro Rocha, da 14ª Vara de Fazenda Pública do Foro Central de São Paulo, suspendeu, em decisão liminar, a implantação do Programa Escola-Cívico Militar (Pecim) no estado. A decisão foi dada em uma ação civil pública ajuizada pelo sindicato dos professores da rede estadual, o Apeoesp. Cabe recurso da sentença.
Na decisão, o juiz de primeira instância diz que o governo federal teria usurpado sua competência para "legislar sobre princípios e diretrizes educacionais". E que o caráter de hierarquia e "disciplina comportamental rígidas, típica de organização militar" entraria em conflito "com os princípios constitucionais que regem o ensino (artigo 206 da CF), lastreado na liberdade de aprender, ensinar, pesquisar e divulgar o pensamento, arte e saber, com respeito ao pluralismo de ideias e concepções pedagógicas, além da necessidade de observância da gestão democrática do ensino público". O ensino militar, para o magistrado, não respeitaria a liberdade e nem teria "apreço à tolerância", conforme determina a Lei de Diretrizes e Bases da Educação (LDB).
O juiz não explicou qual seria a diferença das escolas cívico-militares do governo de Jair Bolsonaro com dezenas de escolas militares em funcionamento no Brasil há décadas, com funcionamento de acordo com o previsto na Constituição e na LDB. As escolas cívico-militares se diferenciam das escolas militares (entre as melhores do país nas pesquisas de qualidade internacionais) apenas porque continuam a empregar os professores da rede pública de ensino e, nessa configuração, têm sido referência de qualidade de ensino.