Apesar de moderno e eficiente, o Transmilênio também tem seus problemas. Atrasos e superlotação dos ônibus nos horários de pico estão entre as reclamações mais frequentes dos usuários. Eles, inclusive, têm canais diretos por telefone e e-mail para fazer suas queixas. Mas há uma percepção entre os passageiros de que as vantagens do sistema suplantam qualquer desconforto.
Para tentar identificar e solucionar os problemas da maneira mais rápida possível, a Transmilênio mantém um Centro de Controle que organiza e monitora em tempo real a operação do sistema. "Temos 330 câmeras espalhadas em estações e terminais que nos permitem acompanhar toda a movimentação dos ônibus, identificando possíveis gargalos e tomando as medidas necessárias para corrigi-los", explica Maurício Sandoval, engenheiro de tráfego da Transmilênio.
Pela sala de controle é possível monitorar a quebra de ônibus, a velocidade dos coletivos, movimentos anormais em algumas linhas e até mesmo delitos ou brigas nas estações. Há ainda comunicação direta com os condutores, já que todos os ônibus são equipados com um sistema de rádio.
Além de toda tecnologia empregada, chama a atenção na central a presença de um trio de policiais, que podem ser acionados a qualquer momento, agilizando o atendimento de uma ocorrência no sistema. Em Bogotá, a preocupação com a segurança anda de mãos dadas com a eficiência do transporte coletivo.