Apesar de ter saído ileso aos escândalos políticos do governo Lula, o ministro Roberto Rodrigues teve uma gestão marcada por crises no setor e pela dificuldade em atender às reivindicações dos produtores.
2003 Defensor da agricultura comercial, trava uma queda de braço com o ministro do Desenvolvimento Agrário, que tenta privilegiar a agricultura familiar, desde o início da gestão.
2004 Irritado com a demora na solução de uma greve de fiscais que causara prejuízo de R$ 500 milhões em produtos que deixaram de ser exportados, Rodrigues chama de vagabundo o então ministro do Planejamento Guido Mantega, durante uma reunião com parlamentares.
2005 Focos de febre aftosa no Mato Grosso do Sul e posteriormente no Paraná desgastam o ministro, principalmente pelo fato de ele não ter conseguido liberar, junto ao Ministério da Fazenda, recursos para a defesa sanitária animal.
2006 O setor vive um de seus anos mais difíceis, com a pecuária sofrendo os reflexos da febre aftosa e a agricultura com três anos seguidos de estiagem e queda de preços dos produtos. Dois pacotes agrícolas são lançados, mas não resolvem os problemas dos agricultores.
