Alexandre de Moraes começou a ganhar notoriedade em 1997, como responsável pelo inquérito que investigou um esquema superfaturado de fornecimento de frangos à prefeitura de São Paulo, na gestão de Paulo Maluf. Em 2002, a Justiça inocentou Maluf das acusações.
Depois de passagem pela promotoria de Saúde Pública e Consumidor, Moraes se lançou a voos mais altos. Em 2002, deixou a promotoria e foi nomeado secretário da Justiça por Geraldo Alckmin.
Em 2005, foi o indicado da Câmara Federal para ocupar uma cadeira no recém-criado Conselho Nacional de Justiça (CNJ). Sua nomeação, patrocinada por DEM e PSDB, principalmente, foi envolta em polêmica.
A formação inicial do CNJ foi definida em meio à primeira crise política do governo Lula, que originou a CPI dos Correios. A oposição conseguiu barrar uma indicação do governo para a Agência Nacional do Petróleo (ANP). Em retaliação, o Senado barrou a indicação de Moraes para o CNJ.
Houve uma grave crise, pois Moraes era indicação oficial da Câmara. A oposição alegou que várias votações para colegiados estavam ocorrendo no Senado, e exigiu outra sessão para referendar Moraes, apesar de não haver previsão regimental do Congresso ou do CNJ para tal. Um acordo com praticamente todos os partidos – à exceção do PDT e do PSol – permitiu outra votação e a nomeação do ex-promotor ao CNJ.
Moraes foi supersecretário de Kassab e voltou para a gestão de Alckmin
Depois de dois anos no CNJ, Alexandre Moraes poderia ser reconduzido, mas preferiu voltar ao Executivo. Em agosto de 2008, assumiu o cargo de secretário municipal de Transportes e de presidente da SPtrans na gestão de Gilberto Kassab, então no DEM. O acúmulo de funções o transformou em um “supersecretário”, e as ambições políticas ficaram mais claras.
Moraes sempre foi conhecido pelo centralismo e autonomia. Jornais de São Paulo noticiaram que ele tinha pretensões de ser indicado a uma cadeira no Supremo Tribunal Federal (STF). Mas, durante sua gestão na supersecretaria, era forte a possibilidade de concorrer à prefeitura de São Paulo em 2012.
A parceria entre Kassab e Moraes não durou muito, porém. Em junho de 2010, após muito desgaste, Moraes deixou a prefeitura. Ele era responsável por grandes licitações e serviços urbanos, como o transporte público, coleta do lixo, varrição de ruas e iluminação. Com atrasos em obras e problemas em licitação, o supersecretário virou alvo de reclamações de vereadores. Várias decisões dele foram posteriormente revistas por Kassab.
Quando saiu, Moraes abriu um escritório de advocacia. No fim de 2014, foi convocado por Geraldo Alckmin para assumir a Secretaria de Segurança, em meio a uma onda crescente de violência no estado de São Paulo.
Moraes assumiu e conseguiu reduzir o número de homicídios por uma manobra estatística: a partir de abril de 2015, foram desconsideradas as mortes consideradas de legítima defesa feita por policiais militares de folga. Em um semestre, isso representou 102 mortes que não foram computadas, segundo a Folha de S. Paulo. Em março de 2016, reportagem do Estado de S. Paulo mostrou que havia pelo menos 21 assassinatos que não estavam nas estatísticas.
O governo Alckmin defendeu a metodologia utilizada. A redução de mortes era uma bandeira de Moraes, que poderia ser o indicado do PSDB para disputar a prefeitura em 2016. O impeachment de Dilma Rousseff mudou o curso dessa história.
