Em 2008, Carlos Brilhante Ustra tornou-se o primeiro militar a ser reconhecido pela Justiça como torturador durante a ditadura. Em agosto de 2012, o Tribunal de Justiça de São Paulo (TJ-SP) manteve a sentença judicial que responsabilizava o coronel reformado por crimes de tortura a presos políticos.
Por decisão unânime (3 votos a 0), os desembargadores do TJ-SP negaram o recurso de Ustra. A sentença em primeira instância, proferida em outubro de 2008 pelo juiz Gustavo Santini Teodoro, da 23.ª Vara Cível do Fórum João Mendes, condenou Ustra pelas torturas sofridas por Maria Amélia de Almeida Teles, César Augusto Teles e Criméia de Almeida, em 1972, nas dependências do DOI-Codi de São Paulo.
No mesmo ano, em junho, Ustra foi condenado a pagar indenização de R$ 100 mil por ter participado e comandado sessões de tortura que mataram o jornalista Luiz Eduardo Merlino em 1971. Morreu em 2015 em decorrência de um câncer . Ele recorria das decisões judiciais.
Comissão da Verdade
Em maio de 2013, ele compareceu à sessão da Comissão Nacional da Verdade. Apesar do habeas corpus que lhe permitia ficar em silêncio, Ustra respondeu a algumas perguntas. Na oportunidade, negou que tivesse cometido qualquer crime durante seu período no comando do DOI-Codi paulista. Disse também que recebeu ordens de seus superiores no Exército para fazer o que foi feito e que suas ações à frente do órgão tinham como objetivo o combate ao terrorismo.