Pela Resolução número 1/2006 do Congresso Nacional, a Comissão de Orçamento passou por mudanças que dificultam ações ilegais. O número de membros foi reduzido de 168 para 80 (40 titulares e 40 suplentes), e nenhum membro pode integrá-la mais de uma vez no mandato.
Para o senador José Maranhão (PMDB-PB), presidente da comissão, foram alterações positivas. Mas ele critica a proposta de acabar com as emendas individuais ao Orçamento, que considera uma "volta ao regime de 64". No período, ele diz, o governo enviava a proposta orçamentária e, se o Congresso não a aprovasse, ela passava do mesmo jeito, por decurso de prazo.
Outra particularidade da Comissão é a diferença de representação entre estados, que não corresponde necessariamente a seu peso econômico. Bahia e Minas, por exemplo, têm oito representantes cada, enquanto São Paulo tem sete e o Rio de Janeiro, apenas dois.
