Em 2002, quando a tradicional aliança PSDB-PFL não aconteceu, a relação de Serra com PFL ficou próxima do rompimento depois do episódio em que uma empresa de Roseana Sarney foi invadida pela Polícia Federal, que lá descobriu malas de dinheiro. A partir de 2004, Serra começou um longo trabalho de recomposição de sua relação com o PFL, convencido de que ela seria necessária a uma eventual candidatura em 2006.
Primeiro, como presidente do PSDB, Serra reforçou os mecanismos da aliança parlamentar de PSDB com PFL. Depois se aproximou do senador Jorge Bornhausen, presidente do PFL. Em 2004, após decidir ser candidato a prefeito, foi Bornhausen quem lhe indicou o vice Gilberto Kassab. Serra aceitou sem pestanejar e ainda defendeu bravamente Kassab quando ele foi atacado pelo PT. Bornhausen anotou estes movimentos na linha de crédito.
Na convenção nacional do PSDB, em meados de novembro, Serra esteve entre os tucanos que receberam festivamente a delegação de cardeais do PFL que lá compareceu e deu atenção especial ao senador Antônio Carlos Magalhães (PFL), com quem suas relações estavam especialmente deterioradas. No último dia 9, o prefeito recebeu para um jantar reservado o deputado Antônio Carlos Magalhães Neto (PFL). Pouco vazou da conversa, mas pefelistas garantem que a aliança está refeita.
Por fim, Serra tem uma jóia da coroa para ofertar aos pefelistas 2 anos e 9 meses de governo na Prefeitura de São Paulo. A confiança que passou a despertar e o legado que deixa fazem dele o candidato preferido no PFL. Entre os pefelistas, há ainda um certo distanciamento do governador Alckmin. O próprio Bornhausen acha que ele não se preocupou em aproximar-se do PFL. E tem com o partido um contencioso, o episódio em que o PFL se aliou ao PT e tomou a Mesa da Assembléia de São Paulo, contra o candidato do governador. As últimas pesquisas de opinião criaram uma complicação para o PSDB: se Serra é um candidato plenamente viável, Alckmin mostra que pode vir a ser competitivo.