O Banco Rural divulgou nota negando a possibilidade de fraude nos documentos entregues à CPI dos Correios considerada pelos diretores como "nula e completamente absurda". De acordo com a assessoria, os arquivos são cópia fiel dos extratos bancários referentes à movimentação bancária do empresário Marcos Valério e das empresas dele, registradas nas fitas dos caixas de todas as agências onde houve movimentação.
Uma perícia do Instituto Nacional de Criminalística da Polícia Federal indica que arquivos encaminhados pelo banco foram adulterados. A PF informou que de seis arquivos com movimentações financeiras enviados pelo Banco Rural à CPI quatro estavam com alterações. Se ficar caracterizada a destruição de provas, os responsáveis podem ser presos e processados por obstrução das investigações.
Segundo o deputado Onyx Lorenzoni (PFL-RS) houve maquiagem do Rural nas contas da empresa SMP&B de Marcos Valério. Num dos arquivos, havia cinco mil registros originais. O documento enviado à CPI tem 35 mil registros. Noutro arquivo, os registros pularam de sete mil para 17 mil. Os arquivos registram depósitos, empréstimos, transferências bancárias e pagamentos feitos por DOC ou cheque da SMP&B no Rural. Integrantes da CPI suspeitam que a alteração foi feita para justificar os recursos que Valério repassou a políticos, supostamente oriundos de financiamentos contraídos no próprio banco.
De acordo com a nota do Banco Rural, uma perícia nas fitas dos caixas das agências do banco pode comprovar a autenticidade da documentação. Ainda de acordo com a nota, o Banco Rural não deixou de informar qualquer operação, e não acrescentou operações não concretizadas. Todos os empréstimos concedidos pelo Banco e creditados nas contas dos beneficiados, também podem ser conferidos nos extratos, segundo as informações da assessoria.Quanto aos documentos referentes aos saques, as versões originais foram entregues à Polícia Federal e à Justiça Federal, durante a operação realizada pelos policiais sem aviso prévio.
Uma cópia dos documentos também foi encaminhada à CPI. A comparação dos documentos originais com as cópias em poder da comissão vai comprovar a autenticidade deles, segundo a nota. A assessoria informa que Banco Rural guarda cópias de toda a documentação, que estão à disposição para comparação, se os órgãos competentes julgarem necessário.