Unidos na chapa presidencial do PSB, Beto Albuquerque e Marina Silva têm demonstrado pontos de vistas divergentes. O deputado federal defendeu no parlamento projetos totalmente opostos às ideias de sua parceira de partido. Destacam-se: casamento gay, energia nuclear, demarcação de terras indígenas como atribuição do Congresso e a indústria do tabaco.
Em 2003, Albuquerque apoiou requerimento do deputado Sarney Filho (PV-MA) pedindo a realização de audiência pública na Câmara para discutir o "potencial técnico e econômico extraordinário a ser desenvolvido pelo Brasil na área nuclear" a partir de Angra 3. Marina refutou a energia nuclear na sua campanha de 2010. Ela voltou a confrontar a fonte energética em 2011, após o acidente na usina de Fukushima, no Japão, sugerindo um plebiscito sobre o tema. Segundo Marina, na ocasião, a "sensação de segurança e controle com essas usinas é uma ilusão".
Outro tema polêmico defendido por Albuquerque que se choca com a colega de chapa é a defesa da indústria do cigarro. Ele foi um dos deputados que assinaram, em 2003, requerimento de instituição de CPI para apurar o contrabando e falsificação de cigarros - reivindicação do setor tabagista. Albuquerque já reconheceu publicamente ter recebido doação de campanha de produtores de fumo do Rio Grande do Sul, Estado pelo qual cumpre o quarto mandato. Na contramão, Marina proibiu seu comitê de campanha de receber doações de qualquer elo da indústria tabagista.
Albuquerque também foi um dos deputados a apoiar quatro propostas de emenda constitucional sobre demarcação de terras indígenas. Em duas delas, subscreveu propostas de colegas repassando a demarcação de terras indígenas para "audiência das Assembleias Legislativas dos Estados em cujos territórios incidam". Em outras duas, defendeu que a demarcação deve se submeter ao Congresso. Em ambos os casos, a demarcação de reserva indígenas deixa de ser prerrogativa do Poder Executivo, como defende a bancada ruralista. Marina não assumiu ainda posicionamento claro sobre o tema nesta campanha. Em maio deste ano, conforme texto publicado em sua página no Facebook, a candidata se referiu à proposta que submete a demarcação ao Congresso como "ameaça aos direitos adquiridos pelos indígenas".
O vice de Marina também apoiou um projeto de decreto legislativo (PDC 276), proposto pelo deputado Adelor Vieira (PMDB-SC), em 2005, sugerindo a realização de plebiscito sobre casamento entre pessoas do mesmo sexo. A presidenciável do PSB, contudo, reconhece o casamento como "sacramento", ou seja, um ato religioso. Marina afirmou, durante a campanha de 2010, que seria favorável à extensão dos "direitos civis" para casais homossexuais. As informações são do jornal O Estado de S. Paulo.