Em 2008 a pauta do Poder Judiciário se caracterizou por julgamentos de grande repercussão política e social, entremeados por uma série de discussões polêmicas sobre limites e atribuições institucionais, protagonizadas, sobretudo, pelo presidente do Supremo Tribunal Federal (STF), ministro Gilmar Mendes.

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Em 29 de maio o STF liberou, sem restrições, a continuidade das pesquisas com células-tronco embrionárias no Brasil. Por seis votos a cinco, os ministros da corte julgaram improcedente a ação direta de inconstitucionalidade contra o Artigo 5º da Lei de Biossegurança. A decisão manteve a esperança de cura para pacientes com doenças degenerativas ou portadores de deficiência a partir do resultado dos estudos.

A constitucionalidade da demarcação em faixa contínua da Terra Indígena Raposa Serra do Sol, em Roraima, ocupou as atenção dos ministros do STF ao longo do ano, mas ainda permanece pendente. Em abril, quando estava prestes a ser desencadeada uma operação de desintrusão dos não-índios pela Polícia Federal, os ministros do STF acataram pedido de liminar do governo de Roraima e determinaram a suspensão da retirada de qualquer cidadão da terra indígena até o julgamento de mérito da questão.

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A análise de mérito começou em 27 de agosto. O ministro relator, Ayres Britto, votou pela manutenção da área de 1,7 milhão de hectares conforme homologada em abril de 2005 pelo governo federal. Em seguida o ministro Menezes Direito pediu vista e o processo só retornou ao plenário no último dia 10 de dezembro. Na ocasião, um novo pedido de vista, desta vez do ministro Marco Aurélio Mello, adiou para 2009 a decisão, quando já havia oito votos a favor da demarcação contínua.

Apesar do placar, não está eliminada, tecnicamente, a possibilidade de uma decisão pela permanência dos não-índios dentro da reserva, pois os votos dados até agoraainda podem ser mudados em função da posição daqueles ministros que ainda não se manifestaram.

Para o meio político, duas decisões marcantes foram dadas pelo STF. Uma delas, garantiu as candidaturas nas eleições municipais de políticos que respondem a processos penais ainda não concluídos. Em 6 de agosto, por nove votos a dois, o tribunal julgou improcedente a ação da Associação dos Magistrados Brasileiros (AMB), que propunha que os juízes de primeiro grau da Justiça Eleitoral pudessem negar registro de candidatura a políticos que respondem a processo criminal. Na prática, o STF manteve em vigor o entendimento expresso pelo Tribunal Superior Eleitoral (TSE), pelo qual só não podem exercer o direito de ser votados os candidatos com condenação penal transitada em julgado ou seja, quando não há mais possibilidade de recorrer da sentença.

Em novembro, os ministros do STF confirmaram a validade da resolução nº 22.610, de 2007 do TSE, que traz diretrizes para o processo de perda de mandato por infidelidade partidária. Com base nessa resolução, foi decretada em março deste ano pelo TSE a cassação do mandato do deputado federal Walter Brito Neto (PRB-PB), que teria se desfiliado sem justa causa do DEM. Após exaustivos recursos, o STF confirmou no último dia 17 a decisão do TSE e o parlamentar finalmente foi destituído do cargo pela Mesa Diretora da Câmara.

Em termos de polêmica nada superou, entretanto, as decisões do ministro Gilmar Mendes em julho, quando concedeu em menos de 48 horas dois habeas corpus ao banqueiro Daniel Dantas, investigado e preso por crimes financeiros na Operação Satiagraha da Polícia Federal. A postura do ministro foi criticada por vários setores da sociedade e pelo Ministério Público Federal, para quem Mendes teria suprimido instâncias judiciais.

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Mendes, por sua vez, expôs publicamente seu descontentamento com o juiz da 6ª Vara Federal Criminal de São Paulo, Fausto D`Sanctis (responsável pelos decretos de prisão preventiva), e com os métodos adotados pela PF na operação. Segundo Mendes, o Brasil viveria uma tentativa de consolidação de um estado policialesco. O STF aprovou uma súmula vinculante para condicionar o uso de algemas a situações excepcionais e o Conselho Nacional de Justiça (CNJ), também presidido por Mendes, editou recomendação aos juízes para que evitassem o uso dos nomes das operações da PF em seus despachos.

Em agosto, a revista Veja divulgou a suposta existência de escutas que teriam interceptado conversas entre o presidente o ministro Gilmar Mendes e o senador Demóstenes Torres (DEM-GO), atribuídas Agência Brasileira de Inteligência (ABIN), que colaborou com a PF na Operação Satiagraha. Mendes mais uma vez se irritou e chegou a afirmar que chamaria a falar o presidente da República.

A PF abriu inquérito, ainda não concluído, para investigar a autoria do suposto grampo, mas a direção da Abin foi afastada preventivamente pelo presidente Lula.

Em novembro, por nove votos a um, os ministros do STF confirmaram no mérito a concessão de habeas corpus, que suspendeu a prisão preventiva de Dantas. A sessão, com exceção do voto vencido do ministro Marco Aurélio Mello, foi marcada por desagravos a Mendes, críticas veementes ao juiz Fausto De Sanctis, responsável pelo decreto de prisão do banqueiro, e medida autorizada por ele.