O coronel da reserva do Exército Paulo Malhães, que afirmou à Comissão Estadual da Verdade do Rio ter participado de operações para fazer desaparecer corpos de presos políticos assassinados sob tortura na ditadura militar, disse a investigadores da CEV que o coronel do Exército Freddie Perdigão - que era conhecido como Dr. Nagib no DOI-Codi, órgão de repressão política ligado ao I Exército - assassinou o jornalista Alexandre Von Baumgarten em 1982.
Ligado ao Serviço Nacional de Informações (SNI), Baumgarten foi encontrado morto a tiros na praia da Barra da Tijuca, em 25 de outubro daquele ano, dias depois sair para pescar na traineira Mirimi. A embarcação e os corpos da mulher de Baumgarten, Jeanette Hansen, e do barqueiro Manoel Valente Pires, desapareceram. Antes de morrer, Baumgarten deixou com amigos um dossiê em que responsabilizava o então ministro-chefe do SNI, general Octávio Medeiros, e o chefe da Agência Central do órgão, general Newton Cruz, caso morresse. O texto foi revelado depois que o corpo apareceu. Cruz foi denunciado à Justiça, mas foi absolvido por falta de provas.
De acordo com Malhães, Perdigão - que morreria nos anos 90 - seguiu a Mirimi com outro barco, a interceptou e matou o jornalista a tiros. O corpo foi jogado no mar. A traineira foi afundada. Não há, no depoimento, informações sobre o que aconteceu com Jeanete e com Pires. A eliminação do jornalista envolveria a "Operação O Cruzeiro", uma tentativa do "serviço" de usar um título da revista do mesmo nome para criar uma corrente de opinião pública favorável à ditadura, então cada vez mais impopular. Baumgarten adquiriu os direitos do título em 1979 e atuava à frente da revista a mando do SNI, que se encarregava de extorquir publicidade para a publicação e lhe dar dinheiro diretamente. O novo "O Cruzeiro" não resistiu ao fracasso editorial, e Baumgarten, sob ameaça, foi obrigado pelo SNI a vendê-lo.
O nome de Perdigão surgiu depois de três horas de conversa, quando a equipe da CNV, interessada no destino dos restos mortais do ex-deputado Rubens Paiva, insistia em saber onde eram jogados os corpos dos presos mortos pela repressão. Malhães explicou que não era possível enterrar, porque, segundo disse, sempre acabam achando cadáveres enterrados nessas circunstâncias. Quando lhe perguntaram se as vítimas eram jogadas no mar, respondeu que apenas a Aeronáutica agia assim. "O único corpo que jogaram no mar foi o Perdigão, foi uma cagada", disse. Quando lhe perguntaram o que o oficial fizera, ele afirmou: "Foi aquela do cara que escrevia no 'Cruzeiro'". "Von Baumgarten?", insistiram os pesquisadores. "Von Baumgarten" confirmou Malhães.
Segundo o coronel da reserva, Perdigão e seus comparsas, após o que chamou de "combate de caravelas", chegaram a pensar em simular um afogamento para encobrir o homicídio, o que não foi possível, devido aos ferimentos a bala. Depois, já no Instituto Médico-Legal, agentes do SNI tentaram, segundo ele, trocar o corpo do jornalista por outro, remanejando a etiqueta de identificação, mas isso também não teria funcionado. Perdigão/Nagib é citado no Projeto Brasil Nunca Mais como torturador.