As secretarias estaduais especiais, na prática, podem ser consideradas como subsecretarias. Quatro delas Assuntos Estratégicos, Ouvidoria e Corregedoria, Relações com a Comunidade e Representação do Paraná em Brasília estão financeiramente atreladas à Casa Civil. Suas despesas dependem da Casa Civil. E a Secretaria Especial de Controle Interno, criada neste ano, tem como ordenador de seus gastos a Governadoria. Assim, todas elas não têm completa autonomia financeira e são dependentes de outra estrutura de governo, ao contrário das secretarias convencionais, que tem mais autonomia.
Apesar disso, as secretarias especiais geram gastos e também tem quadro de pessoal, ainda que relativamente pequeno. O secretário de Relações com a Comunidade, por exemplo, segundo decreto publicado em 2004, deve ter à sua disposição, no mínimo, quatro assessores e dois assistentes, com cargos comissionados (de indicação política). O decreto prevê que a secretaria terá também servidores estaduais "em número necessário para atuação nas áreas técnica e administrativa, no âmbito de sua competência". Os cargos em comisão pertencem à Casa Civil, sendo cedidos ao secretário especial pelo prazo necessário à consecução de suas finalidades. Já os servidores devem ser cedidos pelos demais órgãos e entidades do Executivo, mediante entendimento entre os seus titulares.
A Secretaria Especial de Assuntos Estratégicos, segundo sua página na internet, tem duas secretárias, dois consultores e um coordenador. O suporte técnico-administrativo necessário ao desempenho das atribuições do secretário especial é prestado pela Casa Civil.
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