A Presidência da República mandou o ministro da Secretaria dos Portos, Leônidas Cristino, reabrir uma investigação interna instalada para apurar suspeitas levantadas pela Operação Porto Seguro, da Polícia Federal, envolvendo o número dois da pasta, o secretário-executivo Mário Lima Júnior.
O procedimento interno da secretaria havia sido arquivado no início do ano sem encontrar indícios de envolvimento de Lima Júnior com o grupo acusado de vender pareceres técnicos de órgãos públicos. O esquema foi desarticulado pela PF em novembro.
Dias após o arquivamento da sindicância, o jornal O Estado de S. Paulo revelou que o responsável pela investigação interna foi um subordinado imediato do secretárioexecutivo, o chefe de gabinete da Secretaria dos Portos, Raul Moura de Sá. Há suspeitas de que ele tenha poupado seu superior hierárquico.
A investigação interna arquivada que agora terá de ser reaberta se propõe a farejar problemas na concessão de declarações de utilidade públicas (DUPs) a empresas citadas na operação. Conforme o inquérito da Polícia Federal, o ex-diretor da Agência Nacional de Águas (ANA) Paulo Vieira, apontado como o "chefe da quadrilha", fazia tráfico de influência para destravar, com a obtenção desse documento, um terminal na Ilha de Bagres, em Santos, de interesse da São Paulo Empreendimentos (SPE), ligada ao empresário Gilberto Miranda. O secretário-executivo da Secretaria dos Portos foi flagrado em grampo da Polícia Federal discutindo com Paulo Vieira a instalação do terminal de interesse de Miranda.