O G1, portal de notícias da Globo.com, apurou que a Aeronáutica já tem provas de que o Centro Integrado de Defesa Aérea e Controle de Tráfego Aéreo (Cindacta) tentou por várias vezes entrar em contato com o piloto e o co-piloto do jato Legacy ao constatar que o jatinho se encontrava na área em que ocorreu o acidente, mas não obteve resposta. Existem registros de todas as comunicações feitas entre o Centro e as aeronaves que está monitorando.
Antes de entrar na área onde ocorreu a colisão, o Cindacta falou com o piloto do Legacy várias vezes. Mas ao chegar na área onde o jatinho bateu no avião da Gol, o piloto e o co-piloto não atenderam mais às chamadas. A comunicação estava normal entre o jatinho e o centro até então. Segundo apurou o G1, o Cindacta "fez várias chamadas quando o avião se encontrava na área do acidente e não obteve respostas".
A Aeronáutica diz que manteve contato com várias aeronaves que se encontravam naquele momento na mesma região, inclusive um avião de passageiros da TAM, que responderam normalmente às chamadas do Centro. Ou seja, não houve uma pane entre a comunicação do Cindacta e os aviões da área, apesar da falta de comunicação com o Legacy.
Quando entrou na área de colisão, o jatinho aparecia nos radares do Cindacta sem a definição da altura que se encontrava, conforme registrou o radar (primário) do centro. Com isso o controlador de vôo acionou um segundo radar (secundário) para tentar se comunicar novamente com o piloto ou o co-piloto do Legacy e não conseguiu.
O G1 apurou que as hipóteses sendo estudadas pela Aeronáutica para a falta de comunicação com o piloto e o co-piloto do Legacy são de que teriam desligado ou diminuído o volume do rádio, ou então por não ter ninguém na cabine. A tese de defeito no transponder do Legacy, outra hipótese estudada, também não está sendo comprovada porque tanto no início da viagem, como no pouso de emergência, o aparelho estava funcionando normalmente.
O transponder fica no painel do avião e envia para o radar em terra um sinal com todas as informações sobre o vôo, como altura e velocidade. Quando está ligado, o transponder também aciona o sistema anti-colisão - uma área de proteção em volta do avião, emitindo sinais eletrônicos para os outros aviões. Com o transponder com defeito ou desligado, o Legacy não perceberia a aproximação do avião da Gol e vice-versa.