Nenhum web site está totalmente imune contra possíveis invasores. Mas com certeza os responsáveis pelos sites podem criar barreiras para impedir que isso aconteça.
A partir do momento que o Google identifica que o site pode ter sido alterado, ou mesmo encontra um arquivo que seja considerado malicioso, ele cria um bloqueio de acesso em seus serviços de busca e em navegadores como o Chrome por exemplo.
Para ajudar em casos como esses, o próprio Google publicou um vídeo (em inglês) com dicas e instruções de como resolver esse problema :