As estimativas do custo da eventual mudança no sistema de importação e exportação ainda não são claras sequer para os envolvidos diretamente com o setor de produção de grãos. As simulações oscilam entre valores estratosféricos e insignificantes, dependendo de quem as apresenta. José Maria da Silveira, pesquisador da Universidade de Campinas (Unicamp), fez um estudo dos impactos do Protocolo a pedido do Conselho de Informações sobre Biotecnologia (CIB). No estudo, ele avalia que o investimento em testes de laboratório e implantação de infra-estrutura poderia chegar a R$ 50 milhões. "Seria como mais um imposto", declara
O cenário é ainda mais sombrio para o diretor da Associação Nacional dos Exportadores de Cereais (Anec), Sérgio Teixeira Mendes, que se baseia num estudo norte-americano que diz que o custo da segregação total seria de US$ 20 a US$ 25 por tonelada de soja. Esse adicional prejudicaria ainda mais a competitividade da produção nacional. Ele cita o caso do frete: da lavoura até o porto, o transporte custa, em média, US$ 43 a tonelada no Brasil, US$ 16 nos Estados Unidos e US$ 14 na Argentina.
Para Marcelo Furtado, diretor de campanhas do Greenpeace no Brasil, os dados dos defensores da indústria de biotecnologia e do agronegócio estão inflacionando custos para pressionar a opinião pública. A estimativa das entidades de defesa ambiental é de US$ 1 por tonelada transportada que seria irrisório para os mercados compradores que obrigam a certificação. Ele lembra que países importadores, como Japão, China e União Européia já exigem a separação.