CÂMARA
Extermínio no Nordeste: investiga a ação criminosa das milícias privadas e dos grupos de extermínio em toda a Região Nordeste.
Tráfico de armas: investiga as organizações criminosas do tráfico de arma.
Biopirataria: investiga o tráfico de animais e plantas silvestres brasileiros, a exploração e comércio ilegal de madeira e biopirataria no país.
Comissões que esperam a indicação de seus participantes pelos líderes dos partidos:
Telecomunicações: para apurar possíveis irregularidades em contratos firmados entre a Agência Nacional de Telecomunicações (Anatel) e as empresas de telecomunicações, no período de 1997 a 2003.
MST: vai investigar ocupações promovidas pelo Movimento dos Trabalhadores Rurais Sem-Terra (MST).
Falsificação de registros de veículos: vai averiguar a atuação das quadrilhas que incluem veículos roubados em outros países no Registro Nacional de Veículos Automotores (Renavam) do Brasil.
SENADO
Bingos: investiga a suposta utilização das casas de jogos para a prática de crimes de lavagem de dinheiro e a relação das casas de bingo com o crime organizado.
MISTAS
Correios: averigua as causas e conseqüências de denúncias e atos delituosos praticados por agentes públicos nos Correios.
Emigração ilegal: apura os supostos crimes praticados com a emigração ilegal de brasileiros para outros países, em especial para os Estados Unidos.
Mensalão: está averiguando o suposto esquema de pagamento de mesadas a parlamentares, o chamado mensalão, e a suposta compra de votos da emenda da reeleição em 1997.
Da terra: tem entre seus objetivos investigar a aplicação de recursos públicos na reforma agrária, os assentamentos irregulares, a grilagem de terras e também a ação do Movimento dos Trabalhadores Rurais Sem-Terra (MST).