Com uma plataforma de campanha voltada para investimentos sociais, principalmente nas áreas de saúde e reurbanização de favelas, o prefeito Gilberto Kassab (DEM) conseguiu reduzir o "cinturão vermelho" que, em 2004, deu a maioria dos votos ao PT nas zonas leste, sul e noroeste. Tradicionais redutos petistas, como Sapopemba e São Miguel Paulista, na zona leste, deram a vitória ao candidato do DEM. Nos extremos da cidade, porém, Marta Suplicy (PT) manteve seus bastiões, principalmente na zona sul, onde venceu por larga margem.
Kassab obteve 3,79 milhões de votos, e Marta, 2,45 milhões. A vantagem do vencedor chegou a 1,34 milhão de votos. A petista venceu no domingo em 16 das 57 zonas eleitorais (28%). Em relação ao resultado do primeiro turno, o prefeito consolidou seus redutos nas áreas mais centrais e nos bairros onde estão os moradores de maior poder aquisitivo. Mas Kassab também avançou em regiões mais afastadas do centro. Virou o jogo em locais como Itaquera, Vila Jacuí, São Miguel Paulista, Cidade Ademar, Capela do Socorro e Pirituba, onde havia perdido no primeiro turno.
Cidade Tiradentes, também no extremo leste, foi tema de um dos vários duelos da campanha por conta do único hospital do bairro, que Kassab reivindicava como sua realização. Já Marta insistia que sua gestão, entre 2001 e 2004, havia feito 60% da obra. A petista teve quase 69% dos votos na região. Outro local alvo de polêmica foi a Vila Formosa, onde a Prefeitura constrói um Centro Educacional Unificado (CEU). A campanha de Marta acusou o prefeito de ter atrasado a obra e colocou em dúvida a promessa de inaugurá-la até fevereiro, antes do início do ano letivo. Nessa região, Kassab venceu com mais de 75% dos votos válidos. A candidata do PT colheu suas vitórias mais significativas em Grajaú (75% dos votos válidos) e Parelheiros (77%), no extremo sul da cidade.
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